マップエディタ

MapEdよりは使いやすいと思います。
細かいことは「Tiled Map Editor 使い方」で検索してみてください。

保存形式（エクスポート）はtxt、csv、dat（バイナリ）から
自分好みで選べます。datの場合はrom化するとき、padbinツール必須っぽいです。
バイト境界に注意してください。