うーん、これはちょっとひどいかなあ。
大きなスケッチを書き込みと、ブートローダーを破壊することがわかりました。
領域保護機能はありません・・・。
Arduino IDEはサイズを見ているので大丈夫っぽいですけど、
platformio、ino、自作makefileの方は危険です。
FLASH領域は0x8000（32KB）で、IDEの書けるスケッチサイズは0x7000（28KB）。
残りの4KB（32KB - 28KB）がブートローダのようです。
0x7000・・・10進数でいうと28672バイトを超えて書き込むと壊れるようです。。
復帰はブートローダーを書き直す、の一択です。
AVR MKII ISPを使った参考例がありました。
http://community.arduboy.com/t/how-to-reset-arduboy-if-its-bricked/807/17
This is a video (could be also a picture) where I tried to flash the bootloader via the Arduino IDE. You need to select the leonardo board and choose Tools->Burn Bootloader (before that select the programmer you have, do not forget to switch on your Arduboy). Use Arduino IDE 1.6.9.
